最先端技術の開発が行われる特殊科学研究所が、国連との定期交信を絶ってしまった。ボス（森山周一郎）の指令を受け、スパイガールのリナ（中村静香）、リカ（大塚麻恵）、モエ（疋田紗也）は、特殊科学研究所の調査に向かう。所内に足を踏み入れてみると、職員たちは何者かの襲撃を受けており、たった一人の生存者である四本博士（佐藤良洋）の話から、女性科学者・本条かすみ（小川奈那）が自身で開発したレーザー銃で所員を銃撃したことがわかる。そんな中、スピリチュアル能力を持つモエが緑色のスーツをまとった謎の女を目にする。

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